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　　流行性腦脊髓膜炎在敗血癥期，主要病變為血管內皮損害，血管壁炎癥、壞死和血栓形成同時有血管周圍出血；皮膚、皮下組織、粘膜和漿膜等局灶性出血。

　　暴發敗血癥死亡者尸檢時，于皮膚血管內皮細胞內及腔內可見大量革蘭陰性球菌，皮膚及內臟血管損害嚴重而廣泛，內皮細胞脫落壞死，血管腔內有纖維蛋白-白細胞-血小板形成的血栓。皮膚、肺、心、胃腸道和腎上腺均有廣泛出血。心肌炎和肺水腫亦常見。

　　腦膜炎期的病變以軟腦膜為主。早期充血、少量漿液性滲出及局灶性小出血點。后期則有大量纖維蛋白、中性粒細胞及血漿外滲。病變主要在大腦兩半球表面和顱底。由于顱底膿液粘稠及化膿性病變的直接侵襲，可引起腦膜粘連、引起加重視神經、外展神經及動眼神經、面神經、聽神經等腦神經損害。由于內毒素的損傷使腦神經組織表層發生退行性病變。此外，炎癥亦可沿著血管壁侵入腦組織，引起充血、水腫、局灶性中性粒細胞浸潤及出血。

　　在暴發型腦膜炎病例中，病變以腦組織為主，有明顯充血水腫，顱內壓增高。當水腫的腦組織向顱內的裂孔突出，則形成枕骨大孔或天幕裂孔疝。

　　少數患兒由于腦室膜炎，大腦導水管阻塞，致腦脊液循環受阻而發生腦積水。