在土地利用總體規劃確定的城市、村莊和集鎮建設留用地范圍內,市、縣為實施城市規劃、村莊和集鎮建設規劃,涉及農用地轉用的,由市、縣人民政府根據土地利用年度計劃和土地整理折抵建設用地指標,集中統一逐級向批準土地利用總體規劃的人民政府分批次提出申請。一次報批農用地轉用涉及2個或2個以上鄉鎮的,市、縣人民政府土地行政主管部門要以鄉(鎮)為單位分別填寫《農用地轉用呈報表》,并擬定《農用地轉用方案》和《耕地補充方案》。
在土地利用總體規劃確定的城市、村莊和集鎮建設用地規劃區范圍以外單獨選址的建設用地項目,涉及農用地轉用的,由建設單位持建設項目的有關批準文件,向土地所在地的市、縣(市)人民政府土地行政主管部門提出農用地轉用申請,由市、縣(市)人民政府土地利用規劃部門對農用地轉用申請進行審 查,同意轉用的,擬定《農用地轉用方案》報有批準權限的機關批準。
使用土地整理折抵指標的建設項目用地,屬于土地整理項目本身使用耕地的,如整理區農戶動遷安置、企業廠房遷建等需異地建設的項目,不需辦理農用地轉用手續,除此之外的建設用地需要使用土地整理折抵建設用地指標的,都必須辦理農用地轉用手續。由呈報土地整理項目的市或縣(市、區)人民政府土地行政主管部門提出申請,填寫《農用地轉用呈報表》。