《中華人民共和國土地管理法》、《基本農田保護條例》和國土資源部制定的有關規章對基本農田保護制度作了規定。這些制度概括起來主要有以下幾個方面:
基本農田保護規劃制度 各級人民政府在編制土地利用總體規劃時,應將基本農田保護作為規劃的一項重要內容,明確基本農田保護的布局安排、數量指標和質量要求。
基本農田保護區制度 縣級和鄉(鎮)土地利用總體規劃應當確定基本農田保護區。保護區以鄉(鎮)為單位劃區定界,由縣級人民政府設立保護標志,予以公告。
占用基本農田審批制度 基本農田保護區經依法劃定后,任何單位和個人不得改變或者占用。國家能源、交通、水利、軍事等重點建設項目選址確實無法避開基本農田保護區,需要占用基本農田,必須報國務院批準。
基本農田占補平衡制度 建設占用多少基本農田,就必須補劃數量相等、質量相當的耕地,確保本行政區域內土地利用總體規劃確定的基本農田面積不減少。
禁止破壞和閑置、荒蕪基本農田制度 禁止任何單位和個人在基本農田保護區內建窯、建墳、挖砂、采石、采礦、取土、堆放固體廢棄物或者進行其他破壞基本農田的活動;禁止任何單位和個人閑置、荒蕪基本農田;禁止任何單位和個人擅自占用基本農田發展林果業和挖塘養魚。
基本農田保護責任制度 縣級以上地方各級人民政府都要承擔基本農田保護的責任。要通過層層簽訂基本農田保護責任書,將基本農田保護的責任落實到人、落實到地塊,并作為考核政府領導干部政績的重要內容。
基本農田監督檢查制度 縣級以上地方人民政府應定期組織土地、農業及其他有關部門對基本農田保護情況進行檢查,發現問題及時處理或向上級人民政府報告。
基本農田地力建設和環境保護制度 地方各級人民政府農業行政主管部門和基本農田承包經營者,要采取措施,培肥地力,防止基本農田污染。